Die Dienst- und Fachaufsicht über die Naturschutzwarte übt die Naturschutzbehörde aus, in deren Zuständigkeitsbereich der Naturschutzwart tätig ist. In Nationalparken, der Nationalparkregion Sächsische Schweiz und in Biosphärenreservaten ist dies die oberste Naturschutzbehörde.