Der Leiter der Zentralen Datenstelle und die ihm nachgeordneten Dienstkräfte unterstehen der Dienst- und Fachaufsicht des Senators für Finanzen des Landes Berlin. Die Dienstaufsicht über die nachgeordneten Dienstkräfte übt der Senator für Finanzen des Landes Berlin durch den Leiter der Zentralen Datenstelle aus, soweit nicht Rechtsvorschriften entgegenstehen.