Der Geschäftsführer unterstützt das Präsidium und die Programmkommission bei der Erledigung der Rechts- und Verwaltungsangelegenheiten und führt die Geschäfte der laufenden Verwaltung der Virtuellen Hochschule Bayern. Er ist Beauftragter für den Haushalt im Sinn von Art. 9 der Bayerischen Haushaltsordnung und Vorgesetzter für das Personal der Geschäftsstelle.