(1) Der Fonds stellt am Schluss eines jeden Rechnungsjahres eine Jahresrechnung auf. Ein Haushalts- oder Wirtschaftsplan wird nicht aufgestellt.
(2) Die Jahresrechnung muss in übersichtlicher Weise den Bestand des Fondsvermögens einschließlich der Forderungen und Verbindlichkeiten erkennen lassen sowie die Einnahmen und Ausgaben nachweisen.
(3) Die Jahresrechnung ist dem Ausschuss für Staatshaushalt und Finanzfragen des Bayerischen Landtags und dem Obersten Rechnungshof vorzulegen.
(4) Der Fonds ist nach kaufmännischen Grundsätzen zu führen, Art. 2 Abs. 1 und Art. 6 Abs. 1 bleiben unberührt. Die Vorschriften der Bayerischen Haushaltsordnung (BayHO) finden mit den Ausnahmen des Art. 26 Abs. 2 und des Teils V keine Anwendung.
(5) Zur parlamentarischen Begleitung und Kontrolle des Fonds wird eine Kontrollkommission BayernFonds gebildet. Sie besteht aus 12 Mitgliedern und wird vom Vorsitzenden des Ausschusses für Staatshaushalt und Finanzfragen des Bayerischen Landtags geleitet. Diese wird regelmäßig über alle den Fonds betreffenden Fragen, sowohl zur Kreditaufnahme für den Fonds als auch zu Unterstützungsmaßnahmen, von den nach diesem Gesetz jeweils zuständigen Staatsministerien unterrichtet. Zudem kann sie, über die Zuständigkeitsregelungen dieses Gesetzes hinaus, ihre Zustimmung erforderlich machen für besonders bedeutende Einzelfallentscheidungen zu Unterstützungsmaßnahmen sowie zur Nutzung der Kreditermächtigung des Fonds und der nach diesem Gesetz zu erlassenden Richtlinien. Die Kontrollkommission legt die notwendigen Kriterien hierfür fest.